Als stichting opereert WIJdezorg met een bestuursmodel, waarbij de Raad van Bestuur – bestaande uit één persoon – eindverantwoordelijk is voor het realiseren van de doelstellingen van de organisatie, zoals doorgaans vastgelegd in de statuten van de rechtspersoon én voor de dagelijkse gang van zaken in de organisatie, zowel organisatorisch als inhoudelijk als financieel. Naast het geven van sturing aan de organisatie is het afleggen van verantwoording ook een belangrijke taak van de Raad van Bestuur; deze wordt afgelegd aan de Raad van Toezicht en diverse andere stakeholders, zoals de cliënten (via de Centrale Cliëntenraad), de medewerkers (via de ondernemingsraad), de financiers en de overheid.